Dalla riforma giuseppiniana
Alla fine del XVIII secolo la riforma giuseppiniana porto cambiamenti nello stile di vita del convento. L'imperatore Giuseppe II, contravvenendo all’originaria intenzione, alla fine non fece sopprimere il convento, pero i frati non potevano accogliere novizi e le loro attivitá erano ridotte. La chiesa si trasformó in parrocchia, amministrata da parroci diocesani. Questo stato giuridico duró fino al 1932.
Durante gli anni 1790-92 la parte davanti delledificio, con le cappelle dedicate a sant’Edvige e san Brizio, fu ricostruita in stile classicista e adattata secondo il progetto di Fr. Zelinky come nuova casa parrocchiale. In essa fu alloggiato il parroco e la scuola. Nel 1847 ledificio fu innalzato di un piano. Nella parte delledificio, adibita a convento, fu di nuovo eretto il noviziato fino all’anno 1835, dove, secondo le notizie del tempo, c’erano di nuovo fino a 50 frati.
Intorno al 1900 fu collocato un quadro a mosaico di Victor Foerster. Il mosaico riproduce la famosa icona della Vergine Maria Salus populi romani (Salvezza del popolo romano) il piú famoso quadro mariano di Roma, il cui autore si fa risalire all’evangelista Luca. L'immagine ě conservata nella basilica di Santa Maria Maggiore.
Con l'ascesa del comunismo nel febbraio del 1948 incominció in Cecoslovacchia un periodo molto difficile per tutte le comunitá religiose. Durante la notte tra il 13 e il 14 aprile del 1950 tutti i conventi furono barbaramente soppressi, alcuni frati furono incarcerati, gli altri furono internati nei campi di lavoro. Intanto nella chiesa si poté continuare il culto liturgico, pero esercitato da un parroco, fedele al regime comunista.
Gli edifici conventuali furono occupati dal ministero dell’interno, che in una parte fece degli alloggi, e un’altra parte fu sede della banda militare che usava il refettorio come sala di prove.
Dopo la caduta del regime comunista nel novembre del 1989, il convento fu restituito all’ordine francescano nel 1991. Nella nuova situazione politica anche le attivitá del convento si svilupparono di nuovo. Gli edifici del convento, che per tanti anni erano stati adibiti per altre necessitá, richiedevano una serie di riparazioni. Anche le condizioni della chiesa erano state pregiudicate dalla perforazione del tunnel della metropolitana.