Ussitismo, 15 a 16 secolo
All'esistente presbiterio si dovevav aggiungere una costruzione a tre navate, cosicché la chiesa avrebbe raggiunto una lunghezza di 110 m. Si realizzó solo la navata laterale nord che fu concretamente terminata. Fino ad oggi si é conservata di piú la parete sud della navata con finestre gotiche, che è possibile vedere nel sottotetto del convento. NelVanno 1405 fu innalzata un'alta e bella torre nella parte nord in direzione della Cittá vecchia. In essafu collocata una grande campana chiamata "Carlo" o "instancabile". Nella parte sud si cominció a costruire un suo diplicato, ma poi si abbandonó il progetto.
Poco tempo dopo incominciarono a manifestarsi le prime avvisaglie dell'Ussitismo. Giánel 1412 il convento divenne meta di attacchi e distruzione, durante i quali Geronimo di Praga, sostituto di Giovanni Hus, ebbe un ruolo influente. Si narra che "nel convento di S. Maria allArena in Praga prese le reliquie dall 'altare le gettó nel fango e le calpestó". Le rivolte si ripeterono nel 1415. Il re Venceslao IV il 25 febbraio 1419 permise che, nella chiesa di Santa Maria della Neve insieme con le altre due chiese al confine tra la Cittá vecchia e la Nuova, cioè in S. Ambrogio e in S. Benedetto, gliUssiti potessero avere loro celebrazioni, predicare, cantare canti in ceco e dare la comunione sotto le due specie. La chiesa di San Benedetto fu presto restituita ai cattolici. Mentre la chiesa di Santa Maria della Neve divenne il centro degliUssiti piú radicali, e qui si stabilí il predicatore rivoluzionario Giovanni Zelivský.
In questo tempo di tensioni nella domenica 30 luglio 1419 si doveva fare una processione nella Cittá nuova. Dopo una predica impetuosa Zelivský guidó una processione con l’ostensorio verso la chiesa di S. Stefano e poi ritornarono indietro verso la Chiesa di S. Maria della Neve, attraversando il mercato della Cittá nuova nei pressi del municipio. Qui nacque uno scontro con i membri del consiglio municipale, durante il quale il popolo prese d’assalto il municipio. I membri del consiglio furono buttati dalla finestra nella piazza sottostante e lá morirono. Questo avvenimento, noto come la prima defenestrazione di Praga, diede inizio in Boemia al difficile periodo delle guerre ussite.
Nell’anno 1434 esplose tra la Cittá vecchia e la nuova una guerra civile, con la vittoria della cittá vecchia. Nelle lotte giocó un ruolo significativo l'alta e bella torre a nord, che era un luogo strategico, adeguato per il bombardamento della cittá Vecchia. Da qui i cittadini della cittá nuova suonavano a martello una grande campana. La torre perció divenne la meta delle sparatorie dei cittadini della Cittá vecchia, finché fu abbattuta la campana e poi nei successivi attacchi fu demolita l'intera torre.
I frati carmelitani in numero minore poterono tornare nel loro convento nel 1435, e costruirono di nuovo la chiesa. Durante la peste, nel regno di Vladislavo II, nel settembre del 1483, sorsero nuovi disordini e i carmelitani di nuovo andarono via da Praga. La folla allora staccb le teste poste nel rilievo, che stava sopra la porta del convento. Ritornarono nel 1496, tuttavia anche in quel momento si viveva un periodo travagliato e incerto e non fu possibile continuare la costruzione. Nel venerdi Santo del 1542 il vento buttogiú unaparte del tetto della chiesa. Durante i disordini del 1543 la comunitá dei Carmelitani abbandonó Praga. In seguito la loro presenza fu solo sporadica e la chiesa e il convento si deteriorarono.