Llegada de los Franciscanos en el año 1604
En el 1603 el Ministro General de los frailes Franciscanos Francisco de Sousa, pasando por Praga vió los edificios abandonados de la iglesia y del convento de Nuestra Señora de las Nieves, por lo que solicitó el convento al emperador Rodolfo II, el cual accedió, como lo confirma elactadel ano 1606.
El inicio de la llamada guerra de los "Treinta afios", guerra de religiones, supuso de nuevo para el convento un tiempo difícil, llegando al culmen de la tensión en febrero del 1611, cuando fueron asesinados de un modo cruel 14 frailes y el convento devastado. El martirio de estos 14 frailes está reflejado en diferentes cuadros y son venerados desde entonces como mártires.
El 4 de mayo de 1625, después de la reconstrucción en estilo renacentista, la iglesia fue de nuevo consagrada. El edifico del convento conservo su estilo gótico. Con la conclusión de la guerra de los "Treinta afios", los trabajos de reconstrucción tomaron un nuevo impulso adaptando la construcción al estilo barroco y tanto la iglesia como el convento conocieron uno de sus periodos más florecientes.
En el 1651 fue terminado el altar mayor, que lleva el escudo de su donador Juan el Viejo de Talmberk. Este retablo era el más grande y el más alto de Praga y de todo el imperio. Entre los afios 1650 - 54 se construyo una nueva ala del convento en la parte sur, alrededor de un segundo claustro. Esta es la configuración actual del convento.
En la parte occidental de la iglesia, en lo que originalmente debían ser las 3 naves del templo surgió en el siglo XVII el actual atrio, bordeado de una parte por la capilla dedicada a los 14 santos protectores y a la Virgen de Passau, y en la otra, en el siglo XVIII se construyo la capilla dedicada a san Juan Nepomuceno.
El atrio tomo forma de claustro, en el centro del cual se contruyo en 1698 una capilla barroca dedicada a la Virgen María Reina, denominada también "por ciúncula", construida según el modelo original de la porciúncula de Asís, la capilla sirvió a la vez como capilla funeraria de sus fundadores. Durante las últimas reparaciones del atrio los restos de esta capilla fueron recubiertos.
Durante este periodo de florecimiento la provincia Franciscana llegó a contar con unos 1000 miembros, por lo que fue necesario alargar el área del convento.